Barthold Kuijken /'bɑrtɔlt 'kœʏ̯kən/ (Dilbeek, 9 marzo 1949) è un flautista belga, noto per l'esecuzione di musica barocca con strumenti originali dell'epoca, pioniere di questo tipo di esecuzione con i suoi fratelli, il violoncellista e gambista Wieland Kuijken e il violinista Sigiswald Kuijken, e con il clavicembalista Gustav Leonhardt.